L'action de Médecins Sans Frontières est avant tout médicale. Elle consiste principalement à procurer des soins aux personnes en danger, indépendamment du pays où elles se trouvent. Nombreuses sont les régions du monde où les systèmes de santé sont défaillants, en raison des guerres, des catastrophes naturelles ou humaines, ou plus simplement de la pauvreté et du manque de moyens logistiques ou financiers.
Assurer l'accès à des soins de santé de base pour tous est donc une priorité pour MSF. Cependant ces activités médicales ne se limitent pas aux soins de base.
Lorsque l'action médicale seule ne permet pas d'assurer leur survie - comme dans des situations d'extrême urgence - d'autres activités peuvent être développées comme l'approvisionnement en eau, la distribution de nourriture, la construction d'abris, les travaux d’assainissement...Cette action s'inscrit prioritairement dans les périodes de crise, c'est à dire de rupture d'un équilibre antérieur, et quand la vie des populations est menacée.
Le champ des activités médicales comprend ainsi la chirurgie, la vaccination et le traitement de certaines maladies posant de graves problèmes de santé publique, comme par exemple la tuberculose et en particulier ses formes multi-résistantes.
Grâce à ses importants moyens techniques, MSF est aujourd'hui en mesure de jouer un rôle important au niveau de la recherche et du développement opérationnels, grâce à son expérience et sa présence permanente sur le terrain.
Pour permettre une action médicale de qualité et des systèmes de santé durables, MSF a été aussi amenée à se spécialiser, une fois l’urgence passée, dans des domaines comme la réhabilitation ou la mise en place de structures de santé, la formation médicale ou la promotion de la santé.