L’accès aux outils de diagnostic du coronavirus est clé pour guider la réponse

Cinq mois après la confirmation d’un premier cas de Covid-19 au Cameroun, la façon dont la maladie s’est répandue dans le pays parait plus claire ainsi que la réponse à apporter. Pour arriver à cela, le travail des épidémiologistes MSF, qui étudient et retracent comment une maladie se propage, a été essentiel.

A Yaoundé, Franck Ale est épidémiologiste régional pour MSF à Dakar, et Yap Boum représentant d’Epicentre, la branche de recherche et d’épidémiologie de MSF. Ils reviennent sur l’importance des outils de diagnostics.

Les premiers cas de Covid-19 ont été dépistés au Cameroun dès début de mars 2020. Comment la pandémie a-t-elle évolué dans la région et, particulièrement au Cameroun, cinq mois après ? 

Franck Ale - Dans tous les pays de la région, les premiers cas étaient des cas importés par des voyageurs revenant des zones déjà touchées par les différentes épidémies de Covid-19 dans le monde. Au fil du temps, on a commencé à voir plus de transmission locale, c’est-à-dire qu’on a commencé à identifier des cas dit ‘communautaires’, qui sont les cas confirmés en laboratoire et dont on n’arrive pas à retrouver le cas à l’origine de la contamination. Cette notion est essentielle, car elle nous permet de mesurer si une épidémie est maîtrisée ou non.

Aujourd’hui, dans l’ensemble, la situation est loin d’avoir été aussi catastrophique que ce qui était annoncé : l’Afrique compte environ 17% de la population mondiale, mais on n’y décompte que 3% du nombre total de cas de Covid-19 enregistrés dans le monde et seulement 1% des décès. S’il faut rester prudent sur l’évolution future de l’épidémie, cela reste très loin des prévisions qui étaient avancées initialement.

Nous sommes désormais entrés dans une phase de transmission accrue et durable dans la population générale, qu’on pourrait qualifier de phase de ‘normalisation’ de la pandémie. Cela signifie que nous allons devoir faire avec le Covid-19 pendant quelques temps et nous donner les moyens d’y faire face à plus long terme, en espérant faire revenir nos sociétés et nos économies à un semblant de normalité. Ceci ne pourra être possible qu’avec l’arrivée d’un traitement et/ou d’un vaccin qui soient accessibles, disponibles et abordables dans les pays africains. Les vaccins ou traitements doivent également être adaptés aux conditions spécifiques d’utilisation de chaque contexte, par exemple par rapport aux questions de chaine du froid, ou des protocoles médicaux.

Yap Boum - Au Cameroun plus particulièrement, nous sommes aujourd’hui à un peu plus de 16 000 cas. L’épidémie est présente dans les 10 régions du Cameroun, avec une transmission communautaire beaucoup plus importante dans la capitale, à Yaoundé, et dans les régions du Littoral, de l’Ouest et l’Est. A Yaoundé, principal foyer de contamination, nous assurons la prise en charge des patients à l’hôpital de Djoungolo : 313 patients y ont été reçus du 25 avril au 30 juin 2020. Si le nombre de cas est important, le nombre de décès demeure néanmoins plus faible que ce qu’on peut voir ailleurs - moins de 400 décès à ce jour, ce qui fait une mortalité d’environ 2-3%. Encore une fois, on est loin de l’hécatombe attendue. 

On fait cependant face aujourd’hui à un autre risque épidémiologique, avec des maladies comme le choléra et la rougeole qui sont endémiques au Cameroun. Celui-ci est d’autant plus grand que les ressources humaines et les ressources matérielles du système de santé national ont été dirigées principalement vers le Covid-19, alors que celle-ci ne chasse pas les autres épidémies. Nous devons maintenant rentrer dans une phase d’intégration de la réponse, pour pouvoir assurer la continuité des services de santé pour les patients et les communautés affectés par ces autres maladies. C’est pour cela notamment que les centres de prise en charge spécialisés, dédiés aux soins Covid-19, sont mis en place, pour permettre aux autres hôpitaux de continuer à répondre aux autres épidémies et maladies, auxquelles la population doit faire face.

Quel est le rôle de l’épidémiologie dans une telle situation et quelle lecture avons-nous aujourd’hui de l’épidémie ?

Yap Boum – Afin de lutter contre la pandémie de Covid-19 au Cameroun, MSF a mis en place de nombreuses initiatives dans ses projets et apporte un soutien constant à la riposte nationale à la pandémie dans les régions du centre, de l'extrême-nord, du nord-ouest et du sud-ouest. 
Nous avons également lancé, début août, des activités communautaires dans le district de la cité verte, l'un des trois districts les plus touchés dans la région du centre. On s’est en effet rendu compte qu’il y a moins de personnes qui viennent à l’hôpital, d’où la nécessité d’assurer un meilleur accès aux soins, même aux niveaux décentralisés. Pour ce faire, nous organisons maintenant des séances d'information dans la communauté, ainsi que des visites de suivi à domicile pour les cas confirmés modérés et référons les patients les plus graves vers les centres de prise en charge spécialisés. Nous soutenons également la recherche active des patients et la surveillance épidémiologique, car c'est l'épidémiologie qui nous permet d'orienter notre réponse. 

Franck Ale – Le rôle de l’épidémiologiste est en effet d’aider à détecter les cas, en mettant en place une stratégie d’identification et d’investigation des foyers épidémiques, quand des cas ont été dépistés. Une autre tâche importante de l’épidémiologiste dans la réponse est la collecte, la compilation et l’analyse des données sur les cas. Ces travaux permettent d’orienter les activités de santé publique à mettre en œuvre dans les zones où il y a une épidémie. Ce faisant, l’épidémiologiste aide les autres acteurs de la lutte à avoir des actions efficaces, qui permettent très vite de contenir l’épidémie. Toutefois, les données dont on dispose sur la pandémie actuelle sont incomplètes, à la fois du fait des capacités de tester existantes, mais aussi des stratégies mises en œuvre, partout dans le monde. Par exemple, selon si les pays décident de tester de façon massive ou seulement les voyageurs entrant sur leur territoire, pour éviter tout nouveau cas importé. 

Les limites des laboratoires ne sont pas nouvelles dans le système de surveillance. C’est quelque chose qu’on retrouve souvent avec des épidémies telles que la rougeole ou le choléra, pour lesquelles il est souvent très difficile de confirmer tous les cas en laboratoire.  Pour ce qui est de la pandémie de coronavirus, il faut reconnaître que les pays ont fait de nombreux efforts depuis le début, pour augmenter leurs capacités de tests, notamment en renforçant les capacités des laboratoires. Au début de l’épidémie en Afrique de l’ouest, par exemple, il n’y avait que le Sénégal qui avait les capacités de dépister ce nouveau coronavirus. Aujourd’hui, presque tous les pays disposent de cette capacité technique d'identifier le virus. Par contre, ils sont limités par leur capacité à avoir des tests disponibles et à avoir les consommables.

Pour l’instant, le test virologique PCR (Polymerase Chain Reaction) est celui recommandé pour le diagnostic du Covid-19 par l'OMS. Ce test recherche la présence de matériel génétique du virus dans des prélèvements effectués dans le système nasal du patient, pour confirmer si le virus est toujours présent. Les analyses sont faites dans des laboratoires sophistiqués et les résultats sont généralement disponibles sous 48 heures. Un autre type de test, le test de diagnostic rapide, est utilisé pour confirmer la présence d’antigènes ou d’anticorps viraux dans le nez ou le sang du sujet testé. Avec ce test, vous pouvez avoir le résultat plus rapidement, en 10 à 15 minutes, sur place. Le test de diagnostic rapide est toujours en évaluation, car il est considéré comme moins fiable que le test PCR.

Cependant, pour les travailleurs médicaux sur le terrain, plus vite on peut aller pour avoir une confirmation du résultat d’un test, mieux c’est, car l’objectif d’un système de surveillance n’est pas forcément de réussir à confirmer tous les cas, mais plutôt de mettre en place un système robuste d'identification rapide des cas. Pour cela, il nous faut des outils fiables et accessibles, d’où la nécessité de pousser pour rendre les tests TDR disponibles notamment dans l’endroit reculés en dehors des capitales africaines.

Des évaluations des tests de diagnostic rapide ont justement été menées au Cameroun, pouvez-vous nous en dire plus ? 

Yap Boum – Différents tests de diagnostic sont disponibles et répondent à des questions différentes. La première est de savoir si le virus est présent dans l'organisme de la personne dépistée. La deuxième question est de savoir si la personne a été exposée à la maladie. Pour cela, les anticorps contre le Covid-19 sont recherchés dans le sang des personnes testées, pour vérifier si la personne a été récemment infectée par le virus. Ceci nous permet également d’évaluer le degré de transmission du virus dans la communauté, qui est un autre indicateur de mesure de l’évolution d’une épidémie.

Au Cameroun, l’équipe de coordination de la réponse nationale a décidé d’utiliser des tests de diagnostic rapide, même si le test recommandé par l’OMS pour le diagnostic du Covid-19 demeure le test PCR. Comme nous devons avoir accès plus rapidement au diagnostic et augmenter le nombre de personnes testées, Epicentre, MSF et la coordination nationale de la réponse ont voulu évaluer le test rapide de diagnostic, en comparaison au PCR. Dans cette optique, Epicentre et MSF ont travaillé avec le Centre des Opérations des urgences de santé publique (COUSP) pour la mise en place d’un projet d’évaluation des différents tests disponibles dans les centres de dépistage et de prise en charge. Cette évaluation intégrait aussi l’hôpital de Djoungolo à Yaoundé, dans lequel MSF prend en charge les patients atteints de Covid-19. A la suite de cette étude, il est devenu possible de faire des tests dans tous les districts de santé, tout en ayant un résultat dans un délai relativement rapide. Nous sommes aujourd’hui en train de travailler sur une stratégie de dépistage mobile, qui nous permettrait de déployer des équipes mobiles de testing sur les marchés, dans les universités et les endroits à haute fréquentation.