MSF est retourné en Mauritanie en 2012, lorsque des milliers de réfugiés fuyant le conflit au nord du Mali ont afflué dans le camp de Mbera, à la frontière entre ces deux pays. En 2018, ce camp abritait toujours plus de 50 000 réfugiés. Malgré la signature d'un accord de paix en 2015, la situation restait instable au Mali et beaucoup hésitaient à y retourner.
Dans le camp de Mbera, MSF a fourni une aide médicale, comprenant des soins pré- et postnatals, planning familial, obstétrique et néonatalogie, traitement des maladies chroniques et infectieuses, et soutien nutritionnel. Les équipes ont aussi porté secours aux communautés locales proches du camp, dans les villes de Bassikounou et Fassala, et les villages alentours.
Les équipes pratiquaient des interventions chirurgicales majeures, dont des césariennes et des procédures orthopédiques. Elles ont mené une campagne de vaccination multi-antigènes dans tout le district, pour protéger les femmes et les enfants de moins de cinq ans contre les maladies infantiles les plus courantes.
Bien que le contexte soit resté instable, la situation à Mbera et dans les districts voisins de Bassikounou et Fassala est devenue chronique et exigeait une réponse à long terme centrée sur le développement d'un système de santé public durable. C'est pourquoi, après six ans d'interventions médicales d’urgence et post-urgence, MSF a décidé de transférer ses activités en Mauritanie à l'Alliance for International Medical Action (ALIMA), en décembre 2018.
